答：人民法院应当将其作为侵犯相邻权之诉进行审理，然后根据具体情况判决房主排除妨碍、恢复原状或赔偿损失等。村民不按村委会规划和政府部门批准的红线图进行工作施工，政府部门在作出处罚决定后给违章建筑物发放了房产证，这仅是行政管理范畴中作为行政管理方与相对人之间的法律关系，表明行政机关认可了该房屋的合法地位，使其免于被政府部门以违章建筑的名义责令限期整改、拆除。但这所房屋的建造是否侵占了他人的相邻权，属于独立的民事法律关系，当事人为此而引起诉讼，属于司法领域需要解决的问题。只要客观上侵犯了他人的合法权益，则不论其是否是合法建筑抑或违章建筑，均应承担责任。